一個(gè)研究團(tuán)隊(duì)新研發(fā)一種可以檢測(cè)大量蛋白質(zhì)的方法，并且證實(shí)了其可行性。這種靶向性蛋白質(zhì)檢測(cè)方法具有具有系統(tǒng)地、可靠地檢測(cè)人類蛋白質(zhì)組的潛力。
新方法證實(shí)
采用自身開發(fā)的這項(xiàng)技術(shù)，Paulovich和同事們可同時(shí)及準(zhǔn)確地檢測(cè)許多不同樣本中成百上千種蛋白質(zhì)的豐度。來(lái)自西雅圖、波士頓和韓國(guó)不同研究小組的研究人員，重現(xiàn)了人類ruxian癌細(xì)胞中319種蛋白質(zhì)的檢測(cè)結(jié)果，證實(shí)這種方法可跨越實(shí)驗(yàn)室和國(guó)界實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化。
Paulovich說(shuō)：“這種方法有潛力*改變我們檢測(cè)人類蛋白質(zhì)的方式。利用資源對(duì)所有人類蛋白質(zhì)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化定量設(shè)立一些新標(biāo)準(zhǔn)，無(wú)疑將能提高研究的可重現(xiàn)性，其將對(duì)轉(zhuǎn)化新型治療和診斷帶來(lái)巨大的影響。”
蛋白質(zhì)功能及檢測(cè)方法缺點(diǎn)
作為所有生物功能的執(zhí)行分子機(jī)器，蛋白質(zhì)掌控著早期疾病和疾病進(jìn)程的信號(hào)傳導(dǎo)。探求癌癥生物標(biāo)記物——細(xì)胞中的蛋白質(zhì)指紋有可能促使開發(fā)出一些測(cè)試方法，更早期地檢測(cè)疾病，早在癌癥形成之前鑒別出個(gè)體的特殊風(fēng)險(xiǎn)，以及更好地指導(dǎo)患者的治療。然而沒有標(biāo)準(zhǔn)化和可重現(xiàn)的方法來(lái)檢測(cè)它們的水平，驗(yàn)證新發(fā)現(xiàn)的候選生物標(biāo)記物是一件不可能的事情。
每個(gè)有前景的生物標(biāo)記物都必須在試驗(yàn)中開展進(jìn)一步的研究，這就要求研究人員能夠檢測(cè)數(shù)百到數(shù)千個(gè)患者樣本中每個(gè)候選標(biāo)志物的豐度。由于將任何一種候選標(biāo)記物轉(zhuǎn)化至應(yīng)用的機(jī)率都極其的低，鑒別一種具有價(jià)值的生物標(biāo)記物必須對(duì)大量的蛋白質(zhì)進(jìn)行測(cè)試。
Paulovich說(shuō)：“現(xiàn)在，你還不能對(duì)大多數(shù)的人類蛋白質(zhì)進(jìn)行大規(guī)模檢測(cè)。在我們完成人類基因組測(cè)序，獲得DNA分子全目錄10多年之后，仍然不能夠采用一種標(biāo)準(zhǔn)化定量方法在各種通量模式下對(duì)人類蛋白質(zhì)組開展研究。”
新方法研發(fā)及新舊方法比較
為了解決這一問題，Paulovich和同事們利用了一種稱作為多反應(yīng)檢測(cè)質(zhì)譜法(MRM-MS)的敏感性靶向蛋白質(zhì)檢測(cè)技術(shù)。這種質(zhì)譜法并非是全新的技術(shù)，多年來(lái)的實(shí)驗(yàn)室利用它來(lái)測(cè)量藥物代謝產(chǎn)物和與先天性代謝缺陷有關(guān)的一些小分子。zui近，Paulovich和其他研究人員開始利用它來(lái)檢測(cè)人類蛋白質(zhì)。
采用研究人員開發(fā)的這種方法，每天每臺(tái)儀器能夠?qū)ui少20個(gè)樣本中的170種蛋白質(zhì)進(jìn)行高度特異性地、地、多路定量分析;任何其他的現(xiàn)有技術(shù)都沒有這種能力。
由于質(zhì)譜技術(shù)是針對(duì)性的，這意味著研究人員能夠調(diào)整設(shè)備尋找癌細(xì)胞或其他樣品類型中特殊的蛋白質(zhì)亞群，相比于非針對(duì)性策略，它可以在更低的水平上檢測(cè)微量血液樣本或活檢標(biāo)本中目的蛋白質(zhì)的存在。
研究的主要作者、Paulovich實(shí)驗(yàn)室分析化學(xué)家Jacob Kennedy說(shuō)：“我們的目標(biāo)是用這一技術(shù)來(lái)取代當(dāng)前采用的一些非常老舊的技術(shù)。”
當(dāng)前，研究人員通常是采用Western blotting、ELISA或是免疫組化(IHC)技術(shù)來(lái)檢測(cè)樣本中的蛋白質(zhì)水平。這些方法往往無(wú)法在實(shí)驗(yàn)室之間重現(xiàn)結(jié)果，從而很難驗(yàn)證適用于的候選生物標(biāo)記物，它們不適用于一次檢測(cè)大量的蛋白質(zhì)和樣本。
Paulovich和同事們通過(guò)分析ruxian癌細(xì)胞生成的300多種已知蛋白質(zhì)驗(yàn)證了他們的技術(shù);研究結(jié)果表明，MRM-MS可以重現(xiàn)及擴(kuò)展以往采用其他技術(shù)進(jìn)行ruxian癌研究所生成的觀察結(jié)果。
該研究證實(shí)了，MRM-MS能夠以一種標(biāo)準(zhǔn)化方式一次檢測(cè)許多的蛋白質(zhì)，為開展性的、有組織的研究工作定量人類蛋白質(zhì)中的每種蛋白奠定了基礎(chǔ)。
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